Per aggiornare il frame che ha aperto la popup:
window.opener.reload();

Per aggiornare un frame diverso:
window.opener.parent.NOMEFRAME.reload();

Oppure (se il frameset e` unico) puoi provare:
window.opener.top.NOMEFRAME.reload();


Invece se vuoi sostituire la pagina:
window.opener.location.href = 'PAGINA.htm';

(con tutte le variabili di prefissi di cui sopra)