Credo che sia un bug... A me sta sempre sopra anche se attivo il nascondere automaticamente... E lo ha sempre fatto con qualunque versione di gnome su qualunque distribuzione...
L'unca eccezione e' X.org CVS... Con quel server grafico quando attivo xcompmgr i pannelli di Gnome stanno SEMPRE in secondo piano rispetto alle finestre

Se te l'ha smpre fatto prova a cambiare versione... Se te lo fa solo da un po' prova a cancellare qualcosa in ~/.gnome2, o ~/.gconf o ~/.gconfd o qualche altro file di configurazione di gnome (Consiglio: prima fatti un backup di cio' che vuoi cancellare: rischi di perdere lo sfondo del desktop, i pannelli, le icone, i controlli, i bordi delle finestre etc che hai impostato te)