Allora... ci sono due modi!

Primo modo:

Metti un colore di sfondo all'iframe e codice per richiamarlo metti style="filter:chroma(color=#coloresfondo)" e anche allowtransparency="true"

Secondo Modo:
Metti sempre allowtransparency="true" nel tag dell'iframe e nel tag body della pagina che va nel'iframe metti style="background-color:transparent"

Ricorda che questi metodi non sono supportati da alcuni browser!