i campi sono stringhe: per fare il confronto tra numeri devi trasformarli ocn parseInt() (se i dati son numeri interi) o parseFloat() (se sono numeri reali):

if (parseFloat(document.storni1.da.value) > parseFloat(document.storni1.a.value) ) ...

if (parseInt(document.storni1.da.value,10) > parseInt(document.storni1.a.value,10) ) ...

Nota la sintassi leggermente diversa nei due casi.