Allora...
se il video che hai tu in formato AVI è sincronizzato, anche il video che otterrai sarà sincronizzato.
Se il video AVI non è sincronizzato, puoi sincronizzarlo con TMPGEnc. oppure con VirtualDub.
Io ti consiglio di sincronizzarlo con VirtualDub (più specifico per lavorare con gli AVI) e poi trasformarlo in MPEG con TMPGEnc