E' "giusto" che sia così: tu hai assegnato sia a linea1 che a linea2 la stessa profondità (1), quindi linea2 va a "sovrascrivere" linea1.

Se invece fai

_root.linea.duplicateMovieClip("linea1",1);
linea1._x += 10;
_root.linea.duplicateMovieClip("linea2",2);
linea2._x += 20;

Vedrai che ti appariranno tutte le linee e il trace non ti darà undefined per linea1