Per layer intendi i livelli?
Per caso hai fatto tutto in una timeline? Non hai dei movieclip con le diverse animazioni?
In questo caso è molto più complicato fermare i diversi livelli! Dovresti avere dei simboli grafici e gestire i loop nelle loro istanze.

La cosa migliore è che tu, crei un movieclip per ogni animazione poi, porti, nella timeline principale, le istanze così, puoi gestire indipendemente ogni animazione.