Proprio non capisco... se copio il tuo codice in un nuovo programma funziona, ma il codice scritto così no, mi restituisce in output esattamente ciò che è stato messo in input... sbaglio per caso da qualche altra parte?
Codice PHP:
# -*- coding: iso-8859-1 -*-

from string import *

def apostrofa(var):
  var = 
replace(var,"à","a'")
  var = 
replace(var,"è","e'")
  var = 
replace(var,"é","e'")
  var = 
replace(var,"ì","i'")
  var = 
replace(var,"ò","o'")
  var = 
replace(var,"ù","u'")
  return var

var2 raw_input("Input: ")
var2 apostrofa(var2)
print
print 
var2