E' ovvio che non ti mostra il quadrato...quel codice SOSTITUISCE il contenuto del movieclip con il filmato esterno.
Il filmato esterno viene caricato alle coordinate 0,0 perchè è li che si trova il movieclip vuoto (il quadrato puoi vederlo in posizione diversa perchè hai usato il moveTo, ma le coordinate del movieclip sono comunque ancora 0,0 , devi spostarlo con _x e _y se vuoi caricare il filmato esterno in un'altra posizione.)
Se tu fai

this.createEmptyMovieClip("clip",1);
clip._x = 300
clip._y = 300
clip.loadMovie("clip_esterna.swf");

Vedrai che il filmato esterno viene caricato alle coordinate 300,300.