Da flash direttamente non è possibile...
Suppongo che tu stia lavorando quasi tutto da codice (per intenderci con le drawing api) e quindi potresti salvare le coordinate degli oggetti che compongono il diagramma e mandarle ad una pagina server side che le rielabora e genera l'immagine.

Prova a gurdare anche swf2pdf è un tool che potrebbe aiutarti a generare dei pdf da far salvare all'utente (supponendo che tu non sia legato ad un particolare formato)...