Se stai facendo un forum, presuppongo che stai usando un DB, perchè non sfruttarlo anche per questo?
Ti crei una tabella con l'associazione utente/messaggioVisto e il gioco è fatto.

Se invece vuoi salvare gli id dei messaggi separati da ",", per estrarli poi puoi usare la funzione explode():
$messaggiVisti = "1,3,6,789";
$arrMsg = explode(",", $messaggiVisti);
e ti scorri l'array $arrMsg per leggere gli id di tutti i messaggi letti.