Anche se è possibile togliere questi avvertimenti, è sconsigliato, in quanto le query di comando vanno eseguite con cognizione di causa e con grande attenzione, in quanto apportano modifiche massive.

Comunque:
Menu Strumenti, Opzioni, Modifica/Trova, Conferma, Query di comando.

Altrimenti, se la query è eseguita da codice, si può disabilitare temporaneamente l'avvertimento in questo modo:

DoCmd.SetWarnings False
DoCmd.RunQuery "NomeDellaQuery"
DoCmd.SetWarnings True

Molto più elegante e sicuro...