Ovviamente per automatizzare il fatto che l'applicazione si prenda tutti i pdf che man mano vengono messi in una data cartella ci penso io con schedulazioni, vbs o quant'altro.
Tanto per cominciare, mi serve l'applicazione che si occupa di estrarre il txt dal pdf in modo abbastanza ordinato.
Che sia java, vbs, eseguibile o altro può andare bene.

Ciao!