Esatto. Il Java Decompiler ti decomplia il bytecode (il .class), permettendoti di riottenere il sorgente ( .java ) e da qui procedi con le modifiche.

Avendo, poi, il JDK puoi tornare a ricompilare il programma e riottenere i .class necessari alla sua esecuzione.

Per compilare:
codice:
javac NomeClasse.java
Ciao.