Quando tu usi un IFRAME crei un contenitore per la tua pagina in questo caso il sito i parametri del querystring non li perdi perchè ci sono nei tuo link e quando tu clicchi li passi al server.

Ciò che vedi nella barra degli indirizzi è solo una visualizzazione di ciò che hai richiesto e nulla di più serve per far vedere all'utente cosa ha fatto.

se il tuo link chiama index.asp?id=bla questa viene passata al server così comè e non perdi i parametri.