Se non setti la directory tipo così:
setcookie("TestCookie", $value, time()+3600, "/~rasmus/", ".example.com", 1);

allora il cookie te lo setta per le directory dal file dove lo crei in giù, ma se hai la pagina index.php, e il cookie lo crei in una sottodirectory, da index.php non riesci a leggere il cookie