Script ed animazioni smettono di funzionare quando l'utente manifesta la volonta' di cambiare pagina... cliccando un link.

Immagino che tu abbia utilizzato una sintassi simile:

<a href="pagina.php">

che, appunto, avvia il download.

Devi invece informare il browser dell'intenzione di non abbandonare la pagina... per esempio:

<a href="pagina.php" target="_blank">

oppure:

<a href="pagina.php" onclick="window.open(this.href);return false;">

In definitiva: dipende da come e' fatto il tuo link... se non risolvi postalo.

ciao