Onestamente sono completamente riguardo alle interfacce COM etc..però da quelo che ahai scritto il tuo problema sembrerebbe un problema di mancata sincronizzazione tra processi nell'accesso allo stesso documento quindi potresti provare ad inserire in una sezione critica il codice che accede al documento.Non so prova e fammi sapere.
Nel caso non lo sapessi una sezione critica è un'area di codice che può essere eseguita da un solo processo per volta.MFC offre la classe CCriticalSection per usarle.