Ciao; allora la cartella classes in web-inf ti serve per mettere i file .class delle tue classi che utilizzi nella tua web application; non è che quando compili la pagina jsp si crea il file .class nella cartella classes; in realtà, poi, tu non compili la pagina jsp ma la richiami semplicemente dal browser; quando tomcat si accorge che è arrivata la prima richiesta per quella determinata jsp, esso, automaticamente, la converte in una servlet quindi genera il file .java dalla pagina jsp e lo compila. Tutto ciò, cmq, non avviene in classes ma in directory dterminate... mi sembra (non ricordo il path esatto in quanto è da molto che non uso tomcat)qualcosa del tipo work e poi a scalare sino alla tua classe .java che è la pagina jsp "convertita" in servlet.
Spero di averti chiarito le idee e non di avertele confuse maggiormente. Ciao