Ciao; allora con JBuilder tiu funziona tutto perchè ha il suo server tomcat integrato (anche se si può agganciare qualsiasi versione del server) e poi si gestisce lui la configurazione del file server.xml; infatti se non vuoi mettere tutto sotto root ma in un punto qualsiasi del hd... devi modificare opportunamente il file server.xml; cmq quando hai finito di sviluppare la tua web app devi mwettere tutto quello che hai realizzato nella root di tomcat affinché, poi, tu possa visualizzarlo.
Alternativa a ciò sarebbe la creazione di un file .war (Web ARchive) che non è altro che l'equivalente web dei file .jar (ciò potresti farlo utilizzando ant). In questo file .war puoi inserire tutto quello che hai realizzato, cioè pagine jsp, html, file .class ec. Devi, poi, farlo deployare a tomcat... per fare ciò, nel modo più semplice puoi copiarlo nella directory %CATALINA_HOME%/webapps