secondo me dovresti creare un applicazione in vb o simili
per evitare il timeout dell app asp (30000 rec sono tantini)

chiedi al provider la connex dall'esterno (crei un dsn sulla macchina che punta al server)
ti agganci con l'applicazione leggi i record
modifichi i dati che ti servono e li inserisci in mysql locale.
poi una volta che l'hai in locale puoi fare un dump e tiri fuori i dati come backup locale e lo puoi inportare dove ti pare anche in phpmyadmin

così facendo non hai bisogno di fare il backup di quello on-line visto che non effettui nessuna operazione di modifica/inserimento