Vorrei sapere in quanto tempo i motori di ricerca "vedranno" le nuove pagine o se devo inserirle io, ed evntualemnte come inserirle.
No, non vanno segnalate le nuove pagine.
Attendi il passaggio dello spider.
Se i link sono seguibili (no link interrotti, errori di permessi..) allora le nuove pagine verranno automaticamente indicizzate in un prossimo aggiornamento.

Quando? Non si sa.

utilizzando il select case per richiamare le pagine nella struttura principale ho ad esempio che la pagina album.asp la richiamo www.gigibeppe.com/index.as?id=album mentre la posizione fisica è www.gigibeppe.com/file/album.asp, quale delle due verrà indicizzata?
Tu quando visiti la pagina quale vedi come URL?
Se ho compreso bene vedrai il contenuto della pagina quando richiami index.asp?id=album

Allora, come per te, lo stesso discorso vale per lo spider.
l'URL che tu vedi è quello che il motore vedrà/vede.