Attenzione.
MSN Messenger e Windows Messenger sono 2 cose diverse.

Stai confondendo Windows Messenger (4.7 disponibile solo su XP) con MSN messenger (ora 6.x disponibile per più SO).

Se vuoi disinstallare MSN è sufficiente disinstallarlo dal pannello programmi.
Windows messenger devi mettere mano alle directory di windows.