Ho ri-trovato il posto del manuale dove sono citate le parentesi. La sintassi e` (?: (avevo dimenticato i duepunti).

Quindi:
$text =~ s/((?:http\:[\/\\]{2})|(?www\.)??.+)[ \>\"\']/\<a href\=\'$1\'\>$1\<\/a\>/g;

Occhio alle backslash. Il forum se ne e` mangiate alcune.
Fai un quote del messaggio prima del copia-incolla.

Nota: La fine della stringa io la ho pensata con uno dei caratteri:
spazio, maggiore, virgolette, apice
Ma magari vuoi un controllo migliore, magari riprendendo il carattere iniziale:
$text =~ s/(\=|[ \"\'])((?:http\:[\/\\]{2})|(?www\.)??.+)\>|\1/\<a href\=\'$2\'\>$2\<\/a\>/g;