secondo me non è un problema di piattaforma ma bensì di gestione dei permessi da parte di chi ti offre l'hosting.
per esempio aruba da i permessi di scrittura solo alla cartelle public e quindi l'upload è permesso solo in quella cartella.
per fare una prova usa un client ftp qualunque e prova a cambiare i permessi direttamente da lì e vedi che succede.