Ciao,
se lo script php ha i permessi di accesso (in teoria ce li ha) al file utilizzato da Apache per la gestione degli utenti non ci sono problemi.
Altrimenti potresti spostare la gestione di Apache su database utilizzando mod_auth_db.

Se invece ti riferisci allapertura della finestrella di accesso con PHP, è solo una questione di headers
http://www.php.net/manual/en/features.http-auth.php