hai ragione.. facciamo un esempio:

lo script php che carica il file si chiama /upload.php
la cartella dove devi caricarlo magari sarà: /public/immagini_caricate/

quindi il percorso che dovrai indicare sarà:
$destination = "public/immagini_caricate/nome_file.jpg";

stai usando la funzione
move_uploaded_file($filename, $destination) ??

il nome della variabile $filename deve essere uguale al nome che hai dato al campo per caricare il file nel form precedente...

su linux in genere non ci isono troppi problemi x queste cose..
se su windows ce ne sono la cosa non è poi così strana..

in ogni caso dai un'occhiata a questi link:
http://it.php.net/manual/it/function...oaded-file.php
http://it.php.net/manual/it/features.file-upload.php

buon divertimento!
ciao