beh allora tanto per precisare la strada da seguire ciò che devi fare è:
1. non preoccuparti che possano fare danni al sistema, perchè solo root può fare danni al sistema, al massimo si fanno i danni nella loro home, gli scompaiono le barre degli indirizzi dai browser le barre di stato e konqueror facendo doppio click non apre più i jpg col tale programma ma cn quell'altor.. questi cmq non sono danni
2. sistemare i programmi che possono usare in una specie di seconda /usr (quando fai il classico ./configure puoi passare la dir di install) e togliere la lettura a dir come /usr /var /etc ecc. ecc. occhio però che così facendo le cose un pochino si complicano per cui magari qualche volta potresti ritrovarti con prog che nn trovano le loro lib, per cui occhio a quello che fai
morale: un sistema *nix è già progettato per fare quello che vuoi fare tu (non permettere agli utenti di far danni)