No. Ora ti spiego. Crea una cartella sul server tramite il programma di ftp che usi, dalle un nome e imposta i permessi a 777. Questa sarà la cartella dove, ala fine del processo, potrai recuperare i tuoi files.
Ora il modulo di upload carica i files nella cartella temporanea del server: è tramite lo script php che devi spostare i files dalla cartella temporanea del server alla tua cartella. Ma mi sorge il dubbio che tu non abbia letto la guida che c'è su freephp apposta per questo. Te la linko:
http://freephp.html.it/articoli/view_articolo.asp?id=66