Eh... è tutt'altro che facile postare il codice qui, è "spalmato" su vari include e prenderebbe davvero tanto spazio.
Comunque, il problema sembra essere più "lineare" di quanto non sembri: semplicemente, le pagine del sito su cui sto lavorando sembrano non "vedere" l'evento onclick sul document. Ho provato a richiamare un semplice alert sull'evento e non va neppure quello. Se creo un HTML semplice e piazzo una funzione sull'evento onclick del document, invece, funziona benissimo.