visto che sei riuscito ad avere 2 monitor indipendenti, ti dispiace postare il tuo xorg.conf (o qualsiasi altro file che te lo permette)... magari ci riesco anch'io

per le applicazioni sul secondo monitor... io avevo in mente, come ti dicevo, la configurazione bigdesktop, con la quale puoi passare da uno schermmo all'altro.

altrimenti puoi provare ad indirizzare i comandi sul monitor che vuoi.
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