Nel mio attuale progetto più importante ( www.itgmarinoni.it ) avevo esattamente il tuo tipo di problema - infatti se noti la struttura della navigazione globale e secondaria...

In un primo momento avevo risolto strutturando l'intero sito con un precisissimo e ordinatissimo albero di cartelle, ma le varie esigenze dopo un po' rendevano inutile questo lavorone. Il mio problema era soprattutto quello che nella barra di navigazione secondaria elenca gli "appuntamenti": quella lista doveva modificarsi a ogni evenienza in tutto il sito e doveva puntare ad un'unica pagina, ovunque l'utente si trovasse.
Il primo passo fu innerHTML di javascript ma era un disastro quando aggiornavo.
Quello successivo fu php.

Non so che altro dirti, mi spiace.

Un saluto e buon lavoro,
Piero.