si certo lo esegue su quel server.. ma è normale..
se vuoi che lo esegua sull'altro server devi fare in modo che abbia accesso al file non ancora eseguito.. e l'unico modo che mi viene in mente è tramite ftp... puoi usare le funzioni ftp di php, ma è una soluzione piuttosto macchinosa e poco efficiente, xkè da quello che ho capito ti serve per dei banner, e in teoria
banner --> molto traffico
molto traffico --> script più efficienti possibile

ti consiglio di trovare una soluzione meno contorta...