se avvii con il cd di una distribuzione puoi usare fdsik (non dal dos).
è un tool molto potente e lavora con un centinaio di filesystem (anche linux, superfluo sottolinearlo).
da li elimini tutte le partizioni (premendo d+invio) e, quando non ce ne sono più, esci (w per rendere effettive le modifiche).
avrei un hard disk come nuovo.