Se fai le query via php avrai una situazione tipo
$result = mysql_query("INSERT INTO......"); oppure
$result = mysql_query("UPDATE tuatabella SET ......"); oppure
$result = mysql_query("DELETE FROM tuatabella ......");

Quello che proponevo era di memorizzare queste query in un file

ad esempio

function my_query_log($sql)
{
if ($fd=@fopen("path/to/logfile.txt", "a" ))
{
fputs($fd, $sql."\n");
fclose($fd);
}
}


Per utilizzare la funzione
$sql = "INSERT INTO......";
$result = mysql_query($sql);
testi la condizione di errore e se tutto va bene
my_query_log($sql);

Ogni tot che decidi tu scarichi il file e con le query scritte la dentro esegui l'allineamento.
Spero di essere stato chiaro.

Ciao