Credo tu possa trovare molto interessante questo programma

http://asic-linux.com.mx/~izto/checkinstall/

Che ti permette di creare dei pacchetti precompilati dai sorgenti.
In questo modo potrai usare il tuo gestore di pacchetti per disintallare e aggiornare il programma che hai installato dai sorgenti.

Purtoppo non ho molta esperienza con checkinstall, quindi se lo userai scrivi come è andata.

Ciao!