per quanto riguarda l'esclusione delle parole comuni io ho fatto così:

1) salvo l'elenco delle parole che l'utente ha immesso in un array

2) elimino subito dopo tutti gli elementi dell'array (e quindi le parole cercate) composti da 1,2 o 3 caratteri. da questo tipo di esclusione ho tenuto fuori soltanto la parola "ici", visto che era l'unica parola importante del mio sito composta da tre lettere.

sugli elementi rimasti puoi effettuare i controlli che vuoi ed alla fine avrai un array contenente le parole "buone" da cercare.
a quel punto attivi un ciclo "for" che per ogni parola effettua lo script del motore di ricerca.

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per quanto riguarda le tabelle ho creato un'ulteriore tabella (ma andrebbe bene anche un'array multidimensionale) in cui memorizzo tutte le query da effettuare sulle tabelle dei contenuti del sito.

ad esempio, se devo cercare nelle tabelle:

1 - eventi (campi: serial , descrizione)
2 - news (campi: serial , notizia)
3 - downloads (campi: serial , nome_file)

creo una quarta tabella chiamata "fonte_dati" che contiene i campi: serial,query (esemplifico molto) riempiti manualmente:

serial = 1 query = "Select descrizione from eventi where descrizione"

serial = 2 query = "Select notizia from news where notizia"

serial = 3 query = "Select nome_file from downloads where nome_file"

a questo punto avendo l'array di parole buone, con un ciclo for principale prendi gli elementi di tale array e mediante un ciclo interno per ogni parola effettui tutte le query memorizzate nella tabella sovrastante, aggiungendo " like ('%$parola_buona%')".

tutti i risultati ottenuti vengono agganciati in un array di risultati, che alla fine conterrà tutti i riusltati delle query e quindi della ricerca.

se aggiungi una tabella nuova basta aggiungere la relativa select alla tabella, senza modificare + il codice.

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io da newbie ho proceduto così, se qualche esperto conosci metodi più veloci e meno macchinosi mi farebbe un gran favore a postare i modi in cui opera.

spero di essere stata chiara