non vorrei aver capito male...

codice:
if(isset($_POST['controllo_entrata')) {
         $entrata = $time_entrata; // qui vedi come fare il calcolo
         $uscita = isset($_POST['controllo_uscita']) ? $time_uscita : NULL;
         $query = "INSERT INTO tabella (orario_entrata, orario_uscita) VALUES ($time_entrata, $time_uscita)";
         ...
         ...
}