E' un bagno di sangue.
Posso suggerirti questo.
Fai un form nel quale inserisci a mano il percorso di ricerca/sostituzione per ogni cartella/sottocartella.
Recuperi il valore proveniente dal form e lo inserisci nel tuo scirpt che così non modificherai se non limitatamente per accettare il valore del percorso.

E' la soluzione più veloce.

Roby