Guardando sulla documentazione ho trovato che:

* nella classe java.lang.Exception esiste un metodo getStackTrace() che restituisce un array di java.lang.StackTraceElement, immagino che l'ordine sarà lo stesso del printStackTrace. Comunque ti consiglio di controllare.

* nella classe java.lang.StackTraceElement c'è un metodo getLineNumber() che ti ritorna il numero di riga dell'elemento. Questa classe ha altri metodi interessanti tipo getMethodName(), getFileName().