E' sempre meglio leggere il file un pezzo alla volta (cioè non con file() ) se supera i 200 k di dimensione (poi molto dipende dalle risorse della macchina e da quanto il sito è frequentato).
Quindi in teoria
file < 200 K meglio usare unpack e applicarlo all'array risultante da file()
file > 200 meglio leggerlo un po' alla volta (fgetcsv o fread+unpack)
Però,ripeto, non credo ti accorgerai della differenza