potrebbe essere questa la causa....

http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/Old_client.html

mysql > 4.1.x memorizza la password come hash a 40 digit exadecimali.

il client invece utilizza password() che produce un hash a 16 digit.

Avevo mezza idea di codificare il problema in una pillola ... ma sono ben pochi che usano mysql 4.1, peraltro ancora in sviluppo.

Vedi se capisci tutto. Ti consiglierei anche di scaricarti MySQL Administrator. E' interessante ed ha pure, nelle opzioni, il modo di risolvere il problema password.