la cpu a 100% è perfettamente normale...
il bz2 è un formato di compressione molto potente e, di conseguenza, molto pesante!
per lo swap...che programmi avevi in esecuzione?
potresti guardare con
$ top -d1
una volta apparsa la schermata premi shift+m
qual'è l'applicazione che ciuccia più memoria?
magari un bel risultato di
$ free
farebbe comodo...
sappiamo troppo poco...