Chi ti ha detto che nn riconoscono i livelli?

E' solo che se usi IE che è sballato, poi fai un sito sballato, e a rimetterlo a posto hai voglia a correre perché perdere tempo?

Mozilla e compagni non ti fanno vedere i livelli vuoti, perché non te li devono far vedere se vuoti.
Se li vuoi lasciare vuoti e farli vedere, devi dargli un'altezza, che può essere minima (min-height che però nn funziona con quel catorcio di IE [c'è il trucco sì]) altrimenti li devi riempire con qualcosa, sempre che ci vada qualcosa.

Quando realizzi un layout, testo, immagini e quanto altro, sono importanti per l'esito finale, come fai a toglierli e pensare di riuscire a capire come verrà fuori la pagina.
E' come se uno stilista si mettesse a disegnare un abito, partendo dal tipo e colore della stoffa, ma senza pensare alla figura intera, non capirà mai come verrà fuori.

Per il tuo problema specifico: che ne so come viene? Non dai un link completo, ma sopratutto da quel poco di codice che hai messo, manca completamente la struttura in javascript che dovrebbe modificare il foglio di stile in funzione del browser.
Quindi non so se l'hai usata.

Inoltre è un grosso errore appoggiarsi al javascript per fare una cosa simile, in quanto se uno ha il javascript disabilitato il tuo sito non funziona, in tal caso sei sicuro che il suo contenuto si capisca comunque? O viene fuori un'accozzaglia di roba?
Se il tuo problema è il crossbrowsing con i fogli di stile, meglio affidarsi hagli hack o ad altri semplici trucchi noti.

Per esempio per NN4:
codice:
<link rel='stylesheet' href='cosaNN4.css'> vale per tutti, quindi anche per NN$
<style>
@import url(cosa.css);
</style>
vale solo per i browser ultima generazione, perciò non per NN4
Il trucco di cui sopra funziona sempre, in pratica NN4 legge il foglio di stile chiamato cosaNN4.css ma non carica quello dichiarato con import.
Gli altri browser invece li caricheranno tutti e due, ma poi il secondo sovrascrive il primo annullandolo.

Poi ovviamente ce ne sono tanti altri, ma la loro trattazione è lunga, ma nessuno usa il javascript.