Tramite odbc puoi importare direttamente su mysql, per esempio con mysql-Front c'è l'opzione importa tramite odbc. Oppure se hai la possibilità di sapere il nome della libreria, la tabella, e un utente, ti posto un codice che si connette a un sistema as400 e legge i dati da una tabella e li visualizza a video. Poi tu puoi fare quello che vuoi, anche copiarteli in un altro db.

Ciao