MySQL è in grado di gestire le richieste di più comandi singoli contemporaneamente che vanno a modificare lo stesso dato. Se però sono necessarie più operazioni "critiche" di seguito senza che nessuno acceda ai dati puoi usare il comando lock

codice:
LOCK TABLES tabella WRITE, tabrutta READ,...;
...
UNLOCK TABLES;
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/LOCK_TABLES.htmls