Ecco come si fa a fare le immagini con alcune zona trasparenti... con gimp 2.0

Apri l'immagine
Poi su Layer>>Trasparency>>Add Alpha channel
Poi selezioni lo strumento "Select regions by color" (si trova a destra della bacchetta magica)
Selezioni un colore con la freccetta
Cancelli la selezione utilizzando lo strumento "gomma"

è solo questione di prenderci mano ma è semplicissimo ( non immediato all'inizio )

PS: poi naturalmente devi salvare in un formato che supporti gli apha channel (gif o png i + comuni)