Prendiamo come esempio un browser internet.
Tu navighi con la porta 80 anche se solo inizialmente xchè poi il web server reindirizza la connesione su una porta diversa. Comunque sia tu puoi avere un firewall con la porta 80 chiusa ma continui a navigare senza problemi xchè il traffico dall'interno verso l'esterno non è bloccato e quando la risposta torna indietro (richiedo www.google.it e mi ritornano immagini e tutto il resto) il firewall "vede" che sono pacchetti che stanno tornando indietro a seguito di una richiesta e quindi riescono a passare. Se non fosse così allora non potresti navigare!

La spiegazione non è molto tecnica xchè altrimenti ci metterei troppo a spiegarti in dettaglio
Se proprio ti interessa ti mando un PM con tutta la pappardella

Il concetto con emule è lo stesso. Se tu non gli dici che la porta utilizzata da esso deve essere bloccata per il traffico che entra e che esce allora emule continuerà a funzionare.
D'ogni modo. Se ti interessa bloccare emule all'interno di una lan ti consiglio di mettere un proxy e dovresti risolvere tutto.