Ciao!
Premetto che non uso Postfix, ma probabilmente con postfix flush gli chiedi di "tentare" di inviare le mail in coda.

Se sono in coda uno dei motivi potrebbe essere che il mail server del destinatario è irraggiungibile. In questo caso, potrebbe non esserlo ancora, e quindi postfix, dopo aver riprovato, le conserva ancora in coda... perchè quindi vorresti eliminarle?