Con precisione non te lo so spiegare.
Il risultato è che win non viene avviato pur avendo la configurazione di grub scritta bene.
Il tutto credo sia causato da un diverso modo di 'scrivere e/o leggere' la tabella delle partizioni.
Si può rimediare utilizzando il comando sfdisk nel modo indicato : http://lwn.net/Articles/86835/

In pratica :
sfdisk -d /dev/hda > MyFile.txt
(controlla le tue partizioni e vedi se coincidono)
Elimina eventuali worning dal file creato e :
cat MyFile.txt | sfdisk --no-reread -H255 /dev/hda

Nel mio caso ha risolto il problema ora si avvia win e linux senza problemi (esattamente come succedeva prima che installassi fedora)